Em 1956, a Ilha das Pedras Brancas foi ocupada e passou a ser um presídio comum, ficando conhecida como Ilha do Presídio, local que serviu de cenário para o famoso Caso das Mãos Amarradas. Com o golpe de 1964, o local se torna um presídio político, deixando de receber acusados de pequenos furtos, usuários de drogas e doentes mentais.  No ano seguinte, o presídio é desativado e reaberto em 1980. Em 1983, no entanto, é fechado definitivamente, dois anos antes do término da ditadura militar no país.